[로이슈 전용모 기자] 대법원 제2부(주심 대법관 민유숙)는 2023년 3월 30일 원고의 상고를 받아들여 농어업경영체법에 따른 영농조합법인(원고)이 식량작물재배업소득 등에 대하여 법인세를 면제받기 위해서는 '농업경영체 등록확인서'를 반드시 제출해야 한다는 잘못된 전제에서 피고(이천세무서장)의 이 사건 각 처분이 적법하다고 보고 원고의 항소를 기각한 원심의 판단에는, 구 조특법 제66조 제1항이 정한 법인세 면제 대상 영농조합법인의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다며 원심판결(수원고등법원 2019. 10. 2. 선고 2019누11565 판결)을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원(수원고법)에 환송했다(대법원 2023. 3. 30.선고 2019두55972 판결).

원고는 영농조합법인으로, 2015, 2016 사업연도 각 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제66조 소정의 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세의 면제를 신청했다.

피고는 원고가 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에서 정한 ‘농업경영체 등록확인서’를 제출하지 않았다는 이유로 해당 법인세를 면제하지 않고, 2018. 3. 20. 원고에게 2015, 2016 사업연도 각 법인세[168,895,750원(가산세 포함), 2016년 사업연도 법인세 191,083,490원(가산세 포함)]를 경정ㆍ고지했다(이하 ‘이 사건 각 처분’).

원고는 이에 불복해 2018. 6. 25. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기했으나, 조세심판원은 2018. 9. 27. 원고의 청구를 기각했다. 이에 원고는 피고를 상대로 법인세부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기했다.

1심(수원지방법원 2019. 6. 20. 선고 2018구합73097 판결)은 원고의 청구를 기각했다. 원심(2심)도 1심판결이 정당하다며 원고의 청구를 기각했다.

조세특례제한법 시행령 제63조 제7항은 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 '농어업경영체 등록확인서'를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 구 조세특례제한법 제66조 제8항의 위임에 따른 것이므로 농어업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다. 원고는 2015년 및 2016년 각 사업연도 법인세에 관하여 조세특례제한법상 영농조합법인에 관한 감면요건을 갖추지 못한 것이다. 따라서 이 사건 각 처분이 조세법률주의에 위반된다는 원고의 주장은 이유 없다.

피고가 보완서류를 요구하지 않았다거나 원고가 국세청에서 발간하는 개정세법 해설서 어디에서도 관련 규정을 찾을 수 없었다고 주장하는 것은 법률의 부지나 착오로 보아야 할 것이고, 이는 그 자체로 정당한 사유에 해당하지 않는다 할 것이어서, 원고의 이 부분(가산세) 주장도 이유 없다.

대법원은 구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득 등에 대해서는 법인세 면제에 관한 구 조특법 제66조 제1항이 적용되고, 면제 신청 절차에 관한 규정인 구 조특법 제66조 제8항 및 이 사건 규정은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세 관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다고 판단했다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr