또한 문 대표 등이 매입한 채권을 주당 3000원대에 주식으로 전환했고 신라젠 상장 뒤인 지난 2017년부터 2018년 사이 주식 일부를 전환가의 20배가 넘는 8만원대에 판매했다는 의혹을 제기했다. 이 과정에서 검찰이 문 대표는 2000억원 이상, 전현직 임원 2명은 각각 1000억원 이상의 부당 이득을 얻은 것으로 파악했다고 보도했다.
이에 문 대표는 "신라젠은 각 규제당국이 요구하는 모든 자료에 허위 사실 없이 적법하고 투명한 과정을 통해 성장했다"며 "논란이 되는 신주인수권부사채(BW) 발행 및 실행은 동부증권·기관투자가들의 펀딩 개시를 위한 요구사항으로서 당시 선택할 수 있는 사안이 아니었다"고 밝혔다.
이어 그는 "과거 자신을 포함한 대주주 3인의 주당 평균취득단가는 4만원 가량"이라고 반박했다. 문 대표는 BW 발행금융 비용 및 법률자문료 8억1000만원, 워런트 행사 자금 300억원, 관련 세금 1700억원, 워런트 행사 목적의 빌린 주식 부채 310만주(약 3000억원) 등 당시 사용한 자금내역을 공개해 이를 뒷받침했다.
아울러 문 대표는 "3인이 자금 한 푼 부담하지 않고 거액의 주식을 부당하게 취득했다는 일각의 주장은 사실이 아님을 분명히 밝힌다"며 "3인 중 세금과 부채를 다 해결한 사람은 현재 없기에 항간에 떠도는 수천억원의 부당 이익 취득이라는 허위 기사는 사실이 아니며 향후 사실 확인을 하지 않고 기사화하는 이런 행위에 대해서는 법적 대응을 하겠다"고 덧붙였다.