[로이슈 전용모 기자] 대법원 제2부(주심 대법관 엄상필)는 남대문 세무서장(피고)을 상대로 낸 법인세부과처분 취소 사건 상고심에서 소형가전 사업 부문에 관한 부분의 원심판단은 수긍하고, '의료장비 사업 부문'에 관한 부분에서 피고의 비교대상업체 선정 및 정상가격 산출이 적법하게 이루어진 것으로 볼 수 없다는원심의 판단은 수긍할 수 없다며 정당한 세액을 새로 산출할 필요가 있어 원심판결을 전부 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원(서울고법)에 환송했다(대법원 2025. 10. 16. 선고 2024두54065 판결).

C는 1891년 설립된 네덜란드의 다국적 전자제품 생산 기업으로, 전 세계 100여 개 국가에서 사업활동을 하고 있다(이하 이들을 통칭하여 ‘D 그룹’이라 한다).

원고는 1976. 1. 5. C의 100% 출자로 설립된 법인으로서 의료장비, 생활가전, 조명의 3개 사업 부문으로 구성되어 있으며, D 그룹에 속한 국외특수관계인들로부터 제품을 수입하여 국내 시장에 판매하는 도매업을 주업으로 하고 있다.

원고는 3개 사업 부문별로 거래순이익률방법(영업이익률을 순이익률지표로 함)에 따라 산출된 이전가격을 기준으로 소득조정을 하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고했다.

서울지방국세청장(이하 ‘E’이라 한다)은 2016. 7. 11.부터 2017. 6. 30.까지 원고의 2012~2015 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하면서, 원고의 사업 부문을 의료장비, 소형가전, 자동차조명, 일반조명의 4개로 구분하고 각 부문별로 거래순이익률방법을 적용하여 정상가격을 산출했다. E은 원고가 일반조명 부문에서는 국외특수관계인들로부터 제품을 정상가격보다 낮은 가격으로 매입하고 나머지 3개 사업 부문에서는 정상가격보다 높은 가격으로 매입한 것으로 보아, 일반조명 부문에 대해서는 조정을 하지 않고 나머지 3개 사업 부문에 대해서만 익금산입 조정을 하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보했다.

이에 따라 피고는 2017. 8. 8. 원고에 대하여 2012~2015 사업연도 법인세 합계 9,046,619,100원(각 가산세 포함)을 경정ㆍ고지했다(이하 ‘이 사건 당초 부과처분’).

원고는 ‘E가 일반조명 부문에 대해 정상가격 소득조정을 하지 않은 것이 부당하다’는 이유로 E가 산정한 정상가격과 원고의 이전가격과의 차액을 손금산입하여 2012~2015 사업연도 법인세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 했으나, 피고는 2018. 3. 23. 이를 거부했다(이하 ‘이 사건 당초 거부처분’).

원고는 이 사건 당초 부과처분과 이 사건 당초 거부처분에 대해 각각 심판청구를 제기했다. 조세심판원은 두 사건을 병합하여 2019. 7. 15. 위 처분들 중 조명 사업 부문에 관하여는 자동차조명 사업과 일반조명 사업으로 나누어 정상가격 과세조정을 하되 각 정상가격을 재조사한 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 부분에 관한 심판청구는 기각한다는 내용의 결정을 했다.

E는 조세심판원의 위 결정에 따라 조명 사업 부문에 대하여 재조사를 실시하고, 2019. 9. 20. 일반조명 사업 부문과 관련된 이 사건 당초 거부처분 중 일부를 취소하여 관련 세액을 원고에게 환급했다(이하 이 사건 당초 부과처분 중 자동차조명 사업 부문을 제외한 의료장비 및 소형가전 사업 부문에 관한 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

원심(서울고등법원 2024. 8. 21. 선고 2022누55844 판결) 은 ‘피고가 의료장비 사업 부문과 소형가전 사업 부문에서 거래순이익률방법에 따라 정상가격을 산출함에 있어 확보·이용 가능성이 높지 않은 자료를 사용한 절차적 잘못을 저질렀다’는 원고의 주장을 배척하면서도, 피고의 비교대상업체 선정 및 그에 기초한 정상가격 산출이 구 국제조정법 및 구 국제조세조정법 시행령과 구 국제조세조정법 시해육칙에서 정한 방법에 따라 적법하게 이루어진 것으로 볼 수 없다고 보아, 그러한 정상가격 산출을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단했다.

피고는 의료장비 사업 부문의 비교대상업체를 선정하는 과정에서 국내거래인 ‘유지보수서비스업’과의 유사성을 주요 기준으로 삼은 것으로 보인다. 그러나 비교가능성을 분석했어야 함에도 구체적으로 비교가능성 평가 과정을 거쳤다고 볼 근거가 부족하다.

소형가전 사업 부문과 관련, 해외 제조사의 제품을 국내에 수입하여 자체적인 마케팅 전략을 통해 수익을 창출하는 업체들이 비교대상업체로 선정됐으나, 소형가전 사업 부문에서 원고의 역할과 책임은 국내 시장 상황에 대한 정보 제공과 현지 시장 상황에 맞춘 가격 조정 등 실행 방식 정도로 제한되어 있어, 원고가 위와 같이 선정된 비교대상업체들과 동일한 완전판매업자라고 단정하기 어렵다.

(대법원 판단) 원심이 소형가전 사업 부문과 관련, 피고의 비교대상업체 선정 및 정상가격 산출이 적법하게 이루어진 것으로 볼 수 없다고 판단한 것은 그 이유 설시에 다소 적절하지 않은 부분이 있기는 하나 결론을 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같이 필요한 심리를 다하지 않은 채 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 구 국제조세조정법상 거래순이익률방법에 따른 정상가격 산출에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

그러나 의료장비 사업 부문과 관련한 원심의 판단, 즉 ‘의료장비 공급 거래’와 ‘유지보수서비스 지원 거래’ 모두에 관하여 구체적인 비교가능성 평가가 있었다고 볼 근거가 부족해 피고의 비교대상업체 선정 및 정상가격 산출이 적법하게 이루어진 것으로 볼 수 없다는 판단은 수긍하기 어렵다고 했다.

원고의 유지보수서비스업 매출은 대부분 유지보수서비스 용역 자체가 아니라 부품 판매에서 발생했던 점, 유지보수서비스 용역을 제공하는 과정에서도 의료장비 제조사로부터 제공받은 기술적 정보 자체보다 유지보수 업무를 수행하는 엔지니어의 기술 및 숙련도가 더 중요했고, 대부분의 의료장비 고장은 국내 엔지니어들에 의해 해결되었던 점 등을 고려할 때, ‘유지보수서비스 지원 거래’라는 것은 국내에서의 유지보수서비스업과 관련된 D 그룹 차원의 기본적 제도 및 정책에 불과하고, 설령 이를 원고와 국외특수관계인들 사이의 ‘거래’로 보더라도 원고가 국내에서 수행한 유지보수서비스업의 영업이익률에 중대한 영향을 미칠 정도로 유의미한 국외특수관계인들의 기여가 있었다고 보기 어렵다.

원고의 주장에 의하더라도 원고는 해당 국외특수관계인들에게 ‘유지보수서비스 지원’에 대한 대가를 독립된 항목으로 지급하지 않고 의료장비 및 부품의 대가에 포함하여 지급해 왔다는 것인데, 당사자들 역시 ‘유지보수서비스 지원’을 별도의 거래대상이 아니라 의료장비 공급 거래에 따르는 D 그룹 차원의 부수적 거래조건 정도로 취급했다고 볼 수 있다.

이와 같이 원고와 D 그룹에 속한 국외특수관계인들 사이에 의료장비 공급 거래와 별도로 독립적인 ‘유지보수서비스 지원 거래’가 존재했다고 보기 어려운 이상, 피고가 비교대상업체를 선정하기에 앞서 ‘유지보수서비스 지원 거래’를 조정 대상 F로 특정하고 비교가능성을 평가하는 과정을 반드시 거쳤어야 한다고 볼 수 없다.

피고는, 해외 제조 의료기기 등의 국내 독점 판매권한을 보유하고 있는 기업들로서 장비 판매 후 유상 유지보수서비스 사업을 통해 추가 수익을 창출하는 업체들을 비교대상업체로 선정했다. 그렇다면 피고로서는 원고와 비슷한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다고 볼 여지가 충분하다.

그런데도 원심은 ‘유지보수서비스 지원 거래’에 관한 비교가능성 평가가 없었음을 이유로 들어 원고의 의료장비 사업 부문에 대해 비교대상업체 선정이 위법하게 이루어졌다고 판단했다. 이러한 원심의 판단에는 구 국제조세조정법상 거래순이익률방법에 따른 정상가격의 산출 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr