국정원과 관련, 진상조사단은 “국정원은 중국 허룽시 공안국 명의의 사실조회 회신서 등 2가지 문서를 위조했음이 밝혀졌다”고 말했다. 또 “국정원 합동신문센터는 유우성의 동생 유가려에 대한 수사과정에서 적법절차를 제대로 준수하지 않았고, 이러한 위법한 수사 작용은 항소심에서 유가려의 진술에 임의성이 없다고 배척되는 결정적 이유가 됐다”고 밝혔다.
특히 검찰에 대해 진상조사단은 “검찰은 직접 문서위조의 실행행위를 분담한 것은 아니더라도, 국가정보원을 통해 확보한 문서가 위조된 문서라는 사정이 명백함에도 불구하고 이런 문서를 그대로 증거로 사용하고, 이에 대한 법원의 확인요구에 대해서도 허위 진술로 일관하면서 국민이 검찰에게 부여한 권한을 부적절하게 행사했다”고 질타했다.
진상조사단은 담당 검사들이 유우성에게 유리한 통화 내역과 휴대폰 사진을 숨긴 것 역시 피고인에게 유리한 증거를 발견했을 때 이를 제출해야 한다는 검사의 객관 의무를 위반한 것이라고 지적했다.
또 국정원 증거조작 사건을 수사한 검찰이 가담자들에게 국가보안법상 ‘날조죄’를 적용하지 않고, 형법의 모해증거위조 혐의를 적용한 것도 법리에 어긋나는 행위라고 판단했다.
진상조사단은 “또한 검찰 지휘부는 (증거조작) 범죄행위에 관여한 검사 및 검찰 책임자에게는 면죄부를 줬고, 국정원 책임자에 대해서는 수사조차 하지 않아 엄중한 법 집행을 기대하기 어려운 상황이 됐다”고 비판했다.
실제로 검찰은 지난 4월 증거조작 사건 국정원 직원들을 재판에 넘기며 정작 재판부에 위조 증거를 제출한 공판 담당 검사들에 대해서는 무혐의 처분을 내려 면죄부를 줬다는 비판을 받았다. 또한 당시 남재준 국정원장에 대해서는 수사조차 하지 않아 여론의 뭇매를 맞기도 했다.
법원도 비판을 면치 못했다. 진상조사단은 “법원은 유가려에 대한 증거보전 절차 시 증언실에 국정원 직원이 입회해 감시활동을 벌이고 있었는데도 이런 사실을 전혀 알지 못하고 있다가, 변호인들의 항의를 받고 나서야 뒤늦게 사태를 파악했으며, 또 사태를 파악한 이후에도 아무런 조치를 취하지 않았다”고 질타했다.
언론에 대해서도 지적했다. 진상조사단은 “일부 언론 역시 유우성에 대해 공식적으로 확인되지도 않은 사실들을 마치 명확한 근거가 있는 사실인 것처럼 보도함으로서, 공정하고 일방 당사자의 주장에 치우치지 않는 균형 있는 보도, 개인의 명예를 훼손하지 않고 개인의 사생활을 침해하지 않는 보도의 원칙에서 크게 벗어났다”고 지적했다.