먼저 세월호 희생자 수와 연간 교통사고 사망자 수를 비교하는 발언으로 논란이 된 것과 관련해 김시곤 국장은 “한 달에 500명 이상 숨지고 있는 만큼 교통사고에 대한 경각심도 일깨워야 한다는 발언을 놓고, 언론노조 KBS본부가 전체 내용은 거두절미한 채, 지난 3일 성명서를 낸 것”이라고 반박했다.
또한 앵커에게 검은 옷을 입지 못하게 지시했다는 논란에 대해서도 김 국장은 “아직도 생사가 불분명한 실종자들이 더 많은 상황에서, 상복을 입고 나온 것은 실종자들이 이미 사망한 것으로 결론지은 것 아니냐. 실종자 가족들을 정말에 빠뜨리는 것 아니냐는...”라고 해명했다.
한편, 김시곤 보도국장은 기자회견에서 “KBS 사장의 임기는 확고히 보장돼야 한다”고 말했다. 또 “보도본부의 독립성을 위해서 보도본부장에 대한 노조의 신임 투표는 철폐하고, 보도본부장에 대한 3년 임기도 반드시 보장돼야 한다”고 주장했다.
그러면서 “KBS노조와 언론노조KBS본부는 정파적 입장과 미시적 관점에서 벗어나 KBS가 건전한 상식에 기초한 자유민주주의와 국민행복을 위한 언론사로 거듭날 수 있도록 합리적 제도개선운동을 펼쳐야 한다”고 노조를 겨냥했다.
김 국장은 “이번 세월호 참사는 여와 야, 그리고 진보와 보수를 모두 떠나, 국민 모두 통렬히 반성하고 재발 방지를 위해 모든 제도와 관행을 기본적으로 고치는 계기로 삼아야 할 비극이자 교훈이지, 정치적 목적을 달성하기 위한 수단이 돼선 안 된다”고 밝혔다.
김 국장은 “보도국장 김시곤은 혼신의 힘을 기울였으나, 보도의 중립성을 제대로 지켜내지 못한 책임을 지고 오늘부로 보도국장직을 사임하려 한다”며 “저의 사임이 한국의 유일한 공영방송 KBS가 명실상부한 공영방송으로 거듭나는 작은 씨앗이 되길 바란다”고 말했다.